La distanza fisica reale tra due geni non mostra sempre una correlazione con la distanza della mappa genetica.
Il fatto che non vi sia una elevata correlazione tra la frequenza di ricombinazione e la distanza fisica tra i geni su un cromosoma è dovuto a molti fattori tra i quali l'esistenza di doppi, tripli o multipli crossing over.
Ne consegue quinidi che la possibilità che avvenga un doppio crossing over tra due geni molto distanti tra di loro su un cromosoma è elevata.
Inoltre come abbiamo accennato nei post precedenti, la frequenza massima di ricombinazione di un incrocio è del 50% o inferiore.
Un fattore che può ridurre l'accuratezza della frequenza di ricombinazione come misura atta a rilevare le distanze cromosomiche, è proprio il fatto che due geni che sono distanti tra di loro su un cromosoma non ricombineranno mai più del 50%; inoltre la ricombinazione è un processo che non avviene uniformemente per tutta la lunghezza del cromosoma, esistono i cosidetto "hot spots" i punti caldi; possiamo definirli come dei siti lungo un cromosoma dove il processo di ricombinazione si verifica più frequentemente, come se fosse facilitato in quel punto la ricombinazione, e regioni di un cromosoma dove la ricombinazione avviene molto più raramente come nelle vicinanze del centromero (deserti).
Da quando sono state iniziate le mappature i genetisti hanno generato delle equazioni matematiche definite come funzioni di mappa.
Sono state ideate per compensare queste discrepanze che abbiamo solo vagamente accenato sopra tra le vere distanze fisiche e le frequenze di ricombinazione.
Queste funzioni introducono sensibili cambiamenti nelle frequenze di ricombinazione tra geni molto distanti tra di loro e cambiamenti minimi elle distanze di mappa di geni molto vicini.
E'stato ossevato però che le correzioni per distanze maggiori sono comunque imprecise, in quanto le funzioni di mappa si basano su presupposti come assenza di interferenza (ne parliamo in un altro post) e raramente ciò non avviene nella realtà.
In sintesi le funzioni di mappa hanno lo scopo di ridurre le discrepanze tra distanza fisica e frequenza di ricombinazione, ma il metodo migliore per produrre una mappa accurata è ancora quello di sommare intervalli piccoli, mappando i geni che sono molto distanti tra di loro erificando che essi sono associati con lo stesso gruppo di geni presenti tra i due geni distanti.
A suo volta questo cosa comporta? Le mappe genetiche più accurate sono quelle che si ottengono mediante un grande numero di incroci le quali però devono essere continuamente rifinite, su un cromosoma infatti non sono presenti solo due o tre geni, ma molti di più, quindi man mano che si scoprono le mappe devono essere rifinite.
Le frequenze di ricombinazione non sono neanche identiche per tutte le specie, ne consegue quindi che per un organismo 1 u.m. può corrispondere a migliaia di coppie di basi, mentre per un altro organismo a centomila.
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